Henry, děkuju za tvé příspěvky, opravdu.
Vidím, že jsem se vyjádřil příliš zkratkovitě, tak jsi po mně šel
Existuje obrovské množství věcí, které se označují jako "molekulární", to neznamená, že jsou všechny ekvivalentní co do kvality a užitečnosti. Já měl na mysli specificky metody od Schlumpbergera.
K věci - Schlumpberger vs. Barcenas. V zásadě jde o to, že Barcenasovi vyšla Harrisia a větev Matucana-Oreocereus-Haageocereus vně dvojice pentlandii-chiloensis a Schlumpberger to má obráceně. Zvlášť ta Harrisia by jim asi měla vyjít stejně, ta druhá větev je i u Schlumpbergera dost krátká. ALE, Barcenase tohle vůbec nezajímá, dělá fylogenezi všech kaktusů, naopak Schlumpberger se zaměřuje na Echinopsis s.l.
Technicky bych řekl, že Barcenas to mohl udělat líp a trochu se divím, že mu tu práci vůbec vzali, já bych ji vyhodil, protože není dopočítaná a vyvážená. Zdá se mi, že Barcenas je dost silně zatížený na severoamerické kaktusy a ty jihoamerické docela zanedbal (na str. 481 je docela informativní tabulka). Tohle všechno samozřejmě kazí pravděpodobnost, že to spočítá správně. Z Echinopsis (sensu Hunt 2006) má tři druhy proti třeba 33 druhům Coryphant, opravdu ho chceš brát jako autoritu na Lobivie? I tak měl ale dataset, který se počítal odhadem dva týdny, možná déle, třeba už neměl čas (obvykle je třeba to dělat víckrát, člověk často něco zapomene přidat do datasetu). I za ty severoamerické kaktusy bych mu ale výbornou nedal.
Navzdory tomu, co jsem napsal, ale oběma ta struktura stromu vychází v zásadě stejně, stejné druhy jsou zcela zjevně spolu/blízko. Ani jeden z nich pak myslím neřeší jména kytek, tak mi připadá trochu nefér jim to vyčítat. Pokud chceš aktuální stav, jednoznačně doporučuju Schlumpbergera s tím, že dokud někdo neudělá detailnější práci zaměřenou na ty spornější místa, nic víc se vědět nebude.
Obecně radu pro čtení stromů - pokud jsou větve velmi krátké, nemají velké supporty (ty čísla u nich by měly být blízko 100, resp. 1.0) a nebo jsou tam polytomie (více větví začíná ze stejného místa, Barcenas je toho plný), znamená to, že analýza není příliš silná a přepočet to může měnit. Možná jsem udělal chybu v tom, že tyhle špatný větve vůbec neuvažuju a někdo jiný to čte jako zjevenou pravdu?
Lodeho komentovat nebudu - neznám metodu ani výsledky.
K označení Echinopsis s.l. - není Echinopsis z těch jmen ve skupině nejstarší? Potom by mělo smysl skupinu tak označit než někdo vymyslí, jak se to má všechno jmenovat. Myslím, že to je nějaké taxonomické pravidlo, že se používá nejstarší jméno. Označení větví jsou jen to - označení větví. Nelze to brát jako dogma o povinném názvu rodu/druhu. Pokud chceme autoritativní jména rostlin - ignoroval bych kohokoliv, kdo nedodá s novými jmény i určovací klíč, takovej člověk zjevně neví, co dělá. Třeba ke Květeně ČR klíč je a člověk to může použít jako jakousi autoritu na rostliny.
Jo, k tomu tvému poslednímu příspěvku - ta kniha - to jsou nějaký divný stromy, nechce se mi to tam hledat, ale bez detailů výpočtu to prostě ignoruj. Můžu se na to podívat, ale je to údajně počítané z RbcL (rubisco), takže to nebude mít rozlišení na úrovni druhů, možná ani rodů. RbcL se používá, když chceš vědět vztahy mezi kapradím, cykasy a borovicí, ne uvnitř čeledí.
Kdybych měl čas, zkusil bych nasbírat sekvence z více prací a přepočítat to, ale k tomu se teď rozhodně nedostanu. Je to minimálně pár týdnů práce, za kterou mi nikdo nic nedá. Snažit se to publikovat nemá pro mě smysl, nejsem kytkoexpert.